6 октября 1941 года она была освобождена от работы на фабрике «ввиду эвакуации» (Трудовая книжка). Возможно, эвакуирована была фабрика, а она осталась в Москве. 8 декабря 1941 года принята на работу в Институт органической химии Академии наук СССР в качестве хозлаборанта. С этим институтом ее судьба будет связана до августа 1945 года.
В эвакуации Наташа Худяковская (и часть института тоже) была в Казани. Здесь 8 июля 1942 года она вступила в брак с Г. А. Чистяковым. Георгий Александрович — выходец из профессорской семьи. Единственный ребенок у родителей. Работал в системе Академии наук СССР. Кем? Не знаю. В быту его чаще звали не Георгием, а Юрой. Сохранился интересный документ: «Справка, выданная 10 июля 1941 года сотруднику АН СССР тов. Чистяков у Георгию Александрович у в том, что он временно переводится для работы на периферию и на основании Постановления Правительства от 2 июля 1941 года за тов. Чистяковым Георгием Александровичем сохраняется жилая площадь, занимаемая им и его семьей в г. Москве по Сретенке, д. 36, кв. 3. Домоуправление в лице управляющего домом несет полную ответственность как за сохранность указанной жилплощади, так и за все имущество, лично принадлежащее тов. Чистякову Г. А. и его семье, сданное на хранение управляющему домом по описи…» Далее говорилось, что Чистяков освобождается от квартплаты и т. д. «Справка» — на бланке АН СССР, подписана вице-президентом АН СССР, все печати и подписи есть.