Исповедь "несостоявшего"
Проведя почти четверть века в заключении, Михаил Якубович был освобожден лишь через два года после окончания второго срока и направлен в Тихоновский инвалидный дом в Караганде, где до 1955 года пребывал на положении ссыльного.
В инвалидном доме он занялся литературной работой. Кроме упомянутой повести «Красная роза», им написаны: «Смерть Бориса Годунова», историко-литературная работа, в которой он обосновывает
непричастность Годунова к смерти царевича Дмитрия; «Христианство и индуизм», этико-философское исследование, доказывающее нравственное превосходство индуизма; «Что есть время», философский анализ понятия времени в теории относительности Энштейна; «Отношение к смерти у Л. Толстого и Дж. Голсуорси»; «Письма неизвестному»— серия политических характеристик, написанных с позиций ленинизма и в значительной мере основанных на личных воспоминаниях и малоизвестных фактах; три работы этой серии — о Сталине, Каменеве и Троцком — были окончены в 1966–67 гг., четвертая — о Зиновьеве — осталась незавершенной.
24 апреля 1968 года у Якубовича произвели обыск, изъяли все рукописи и письма. Плоды многолетнего труда так и остались в КГБ, «приобщенными к уголовному делу».
В 1956-м по второму делу он был реабилитирован. В 1961-м направил XXII съезду КПСС заявление о пересмотре процесса «Союзного бюро». Прокуратура СССР ответила, что вина Якубовича и других
осужденных доказана предварительным и судебным следствием, а также признаниями самих обвиняемых. Вскоре после этого Е. Д. Стасова обращалась с такой же просьбой к Н. С. Хрущеву, но не получила никакого ответа.