После Октябрьского переворота, который не принял, вернулся в Тобольск. Наладил связи с находившейся в заключении семьей Николая II, несмотря на прежние отношения, стал оказывать ей скрытую и явную помощь, содействовал в сокрытии царских ценностей. Действовал в основном через священника семьи А.П. Васильева. Сокровища прятались и в городе, и вне его, в основном в Ивановском (Иоанно-Введенском) женском монастыре и старообрядческом ските в 200 верстах — у М.С. Меженской.
Ожидая ареста, организовал в городе крестный ход, звал к борьбе за веру, против большевизма, благословил царскую семью.
15 апреля 1918 года был арестован. Во время обыска у него было найдено письмо старой императрицы (матери Николая II) Марии Фёдоровны , в котором она писала: «Владыка! Ты носишь имя святого Гермогена, который боролся за Русь: это предзнаменование. Теперь настал твой черед спасать Родину: тебя знает вся Россия — призывай, громи , обличай!!! Да прославится имя твое в спасении Многострадальной России».
Гермогена отправили в Тюмень, а затем в Екатеринбург. Им занималась и Уральская ЧК. Сидел он во 2-й Екатеринбургской тюрьме вместе с князем ГЕ. Львовым и д ругим и. Им инкриминировал и подпольную работу по подготовке восстания, чего на самом деле не было. В той же тюрьме содержались князь В.А. Долгоруков и генерал-адъютант И.Л. Татищев — потомок основателя города, сопровождавшие до того царскую семью.
