Уфимский губернатор был встревожен быстро растущей популярностью ссыльного врача и тягой к нему молодежи. Не без его помощи Елпатьевский в конце 1880 года был переведен на Благовещенский чугунолитейный и медеплавильный завод Дашкова.
Вскоре и здесь на квартире Елпатьевского стала собираться молодежь. Есть все основания считать собрания семинаристов на квартире ссыльного врача марксистским кружком.
Отбывая четырехлетний срок в уфимской ссылке, Сергей Яковлевич занимался не только революционной и литературной деятельностью. Он был хорошим врачом, одним из активных организаторов первого съезда врачей Уфимской губернии, одним из учредителей местного общества врачей. Елпатьевский выступил на съезде с двумя большими докладами, которые «по независящим от управы причинам не могли быть напечатаны». Публикацию его докладов губернатор запретил.
