В Женеве Шевелев установил связи и с другими русскими революционными эмигрантами. Один из них. М. К. Алнидин, сыграл неблаговидную роль в жизни Шевелеза, пустив слух, что он — агент царской охранки. Интересна характеристика мнительного Алнидина, данная о нем замечательной революционеркой Верой Фигнер: «Алнидин был в то время настоящим шпиономаном. Ходил даже анекдот, что после многих лет счастливого супружества он спохватился, не шпионка ли, подосланная русскими властями, его жена? И стал за ней следить…»
В декабре 1867 года в письме из Женевы Огарев спрашивал Герцена: «Что за клевета на молоканина в шпионаже? Тени подходящего нет — это наивный фанатик». Н. А. Шевелев был убежденным врагом царизма. В 1868 году он вместе с Л. И. Мечниковым издал в «Вольной типографии» Герцена труд «Землеописание для народа», в котором, как отмечалось потом на суде, «содержалось дерзкое порицание» самодержавию в России. В другом своем труде «Русский глас к словакам» он убеждал, что только свержение царя и уничтожение эксплуатации вызволят великий русский народ из неволи и принесут подлинную свободу.